در زمان امام خمینى قدس‌سره، در اثر اختلافاتی كه در حوزه به وجود آمده بود، امام خمینی ضمن تأکید بر حفظ وحدت در حوزه ها در سخنانی هشدار آمیز فرمودند: «اولین وظیفه شرعى و الهى آن است که اتحاد و یکپارچگى طلاب و روحانیت انقلابى حفظ شود.» ایشان در سخنانی خطاب به جامعه مدرسین حوزه علمیه قم فرمودند: «جامعه مدرسین باید طلاب عزیز و انقلابى و زحمت کشیده و کتک خورده و جبهه رفته را از خود بداند، حتماً با آنان جلسه بگذارد و از طرح‌ها و نظرات آنان استفاده نمایند.»
تصمیم بر آن شد که روندی که در مجلس قانون گذاری صورت می گیرد، در حوزه نیز اجرا شود تا از این راه مطالبات حوزویان به بزرگان منتقل شود و ریزه بینی های بزرگان نیز برای طلاب مطرح شود. این گونه بود که که گروه هایی از طلاب بر اساس رأی گیری، به عنوان نماینده طلاب انتخاب شدند تا بتوانند مسائل و مشکلات را در سطح کلان بررسی و پیگیری نمایند. این تصمیم مورد تأیید جامعه مدرسین نیز قرار گرفت و این گونه بود که در اواخر عمر امام راحل، اولین انتخابات در حوزه علمیه قم انجام گرفت و اولین «مجمع نمایندگان طلاب و فضلاى حوزه علمیه قم» خوانده شد، پدید آمد. ‌ ‌
گزارش این انتخابات به عرض امام راحل رسید و با پاسخ تشکر‌آمیز آن حضرت، که تاییدى بر صحت این اندیشه (تأسیس مجمع) و انتخاب بود روبرو شد. 
و این گونه بود که طلاب حوزه در شش دوره نمایندگانی را از طرف خود انتخاب نمودند. این نمایندگان، جلسات متعددى با اعضاى جامعه مدرسین داشته‌اند، همچنین نشست‌هاى دوسالانه با اعضاى جامعه مدرسین را برگزار نموده اند و در همین نشست ها بوده است که پیشنهادات و انتقادات خود را نسبت به حوزه و عملکرد آن ارائه نموده اند. علاوه بر این نشست‌ها، ارتباطاتى میان هیئت رئیسه مجمع با هیئت رئیسه جامعه مدرسین نیز وجود دارد. و این گونه است که ارتباط بدنه حوزه با جامعه مدرسین، ارتباطی دو سویه می شود. از سویی طلاب، حرف ها حدیث های خود را به نمایندگان خود می گویند و نمایندگان با جامعه مدرسین در ارتباط هستند. و از سوی دیگر اعضای جامعه دغدغه های خود را با نمایندگان مجمع مطرح می کنند و از این طریق ارتباط مستقیم خود را با بدنه حوزه نزدیک تر می کنند.

قوانین خاص برای یک انتخاب خاص
برگزاری انتخابات این مجمع، تماما به عهده جامعه مدرسین است. بر اساس قوانین این مجمع، شهرستان‌ها و مراکز بخش و روستاهایی که دارای حداقل50 نفر طلبه در حوزه علمیه قم هستند، یک حوزه انتخابیه مستقل دارند. شهرهایی که حد نصاب لازم را ندارند، طبق راهنمایی ستاد با شهرهای مجاور خود، نماینده مشترک را انتخاب می‌کنند و هر استان باید حداقل دارای یک نماینده داشته باشد. تعداد نمایندگان هر حوزه انتخابیه براساس آمار طلاب آن حوزه در مرکز مدیریت صورت می‌گیرد. به این ترتیب که از 100 تا 200 نفر، یک نماینده و از 201 تا 400 نفر، دو نماینده و از 401 تا 800 نفر، سه نماینده و از 801 نفر به بالا چهار نماینده خواهند داشت. حد نصاب لازم برای احراز نمایندگی 15 رأی است و حوزه‌های انتخابیه‌ای که بیش از یک نماینده دارند در صورتی که حد نصاب را کسب نکنند به‌ترتیب تابع نصاب اکثر ماقبل می‌باشند. در صورتی که شرکت در انتخابات به ملاک رسمیت نرسد از آن حوزه انتخابیه، فرد یا افرادی توسط مرکز مدیریت حوزه به شواری عالی حوزه پیشنهاد می‌شود تا پس از تأیید، نسبت به رسیدگی به امور طلاب و فضلای آن حوزه انتخابیه تا زمان برگزاری انتخابات میان دوره‌ای اقدام نماید.

نظامی برای مجمع نمایندگان حوزویان
آنگونه که در اساسنامه این مجمع نمایندگان طلاب و فضلاى حوزه علمیه قم آمده است، این مجمع داراى پنج بخش است:
1- «مجمع عمومى» که از اجماع نمایندگان طلاب و فضلاى حوزه علمیه قم در جلسات قانونى پیش‌بینى شده در اساسنامه، تشکیل مى‌گردد و مهمترین رکن مجمع و بالاترین مقام تصمیم گیرنده است.
2ـ هیأت رئیسه که با رأى مستقیم نمایندگان به مدت یکسال انتخاب شده است و اداره مجمع عمومى و انجام امور محوله از سوى مجمع عمومى را بر عهده دارد.
کمیسیون‌ها: بنیادى‌ترین رکن مجمع، کمیسیون‌هاى مجمع است که به منظور ارایه یا بررسى طرح‌ها، در جهت نیل به اهداف و وظایف مجمع به صورت کمیسیون‌هاى دایمى، غیردایمى و ویژه تشکیل مى‌گردد.
کمیسیون‌هاى دایمى عبارت هستند از «کمیسیون‌تشکیلات و مدیریت، کمیسیون تحقیقات علمى، کمیسیون تحقیق و بررسى، کمیسیون گزینش و جذب نیرو، کمیسیون رزمى و دفاعى، کمیسیون مالى و اقتصادى، کمیسیون امور حوزه و دانشگاه و کمیسیون سیاسى و کمیسیون‌هاى غیر دایمى 1ـ پیگیرى فرامین امام و رهبرى2ـ جنبش نرم‌افزارى 3 طرح و برنامه»
4ـ واحد امور اجرایى: به‌منظور انجام کارهاى اجرایى مجمع، واحد امور اجرایى با داشتن بخش‌هاى مناسب و لازم، زیرنظر رئیس مجمع به فعالیت اقدام مى‌کند.
5ـ واحد نظارت و تهذیب: این واحد به منظور حسن سلوک نمایندگان و حفظ شئون اخلاقى مجمع تشکیل شده است.

بعلاوه در اساسنامه این مجمع اهداف کلانی در ارتباط با این مجمع مطرح شده است:
1. ایجاد ارتباط و هماهنگى هرچه بیشتر بین طلاب و فضلاى حوزه با جامعه مدرسین حوزه
2.  تنظیم و تقویت امور حوزه در جهت اسلام ناب محمدى و تحکیم مبانى جمهورى اسلامى با ارائه طرح‌هاى مناسب به جامعه مدرسین و مدیریت حوزه علمیه قم
3.  جذب نیروهاى لایق جهت تحصیل در حوزه؛ بالا بردن سطح عملى حوزه
4.  اصلاح و تنظیم مراحل آموزشى، کتب و مواد درسى و ایجاد رشته‌هاى تخصصى مورد نیاز
5.  رشد و گسترش آموزه هاى سیاسى، اجتماعى، اخلاقى
6.  گسترش تبلیغات اسلامى از طریق اعزام مبلغین و نشر کتب مفید و سایر وسایل ارتباط جمعى
7.  ایجاد زمینه رشد و شکوفایى استعدادها براى تقویت علمى و اخلاقى حوزه؛ تهذیب حوزه از انحراف فکرى و سیاسى
8. تربیت مجتهدان، محققان، نویسندگان و مبلغان شایسته و آگاه به زمان
9.  جذب نیروهاى خلاق و کارآمد براى تدریس در حوزه و دانشگاه؛ امام جمعه
10.  ایجاد ارتباط با حوزه‌هاى علمیه، ائمه جمعه و علماى بزرگ شهرستان‌ها و ارتباط با مراکز حوزوى خارج از کشور
11.  بهبود شرایط و امکانات تحصیلى و رفع نسبى نیازها و مشکلات مالى طلاب حوزه
12.  تقویت مدیریت حوزه با بسیج تمامى نیروها.

نگاهی به کارنامه پنج دوره
 این مجمع طرح جامعى در زمینه جذب طلاب مبتدى تهیه و به شوراى عالى حوزه ارائه نموده است. ‌ ‌علاوه بر آن، چندین طرح در راستای ارتقای سطح آموزشی تهیه و به شوراى عالى حوزه ارائه شده است. از جمله طرح تعطیلات حوزه، که با هدف کم کردن تعطیلات غیرضروری ارائه شده است. این مجمع همچنین طرح هایی را برای ساماندهی وضعیت اخلاقی و سیاسی حوزه و طلاب  به جامعه مدرسین و شورای عالی ارائه نموده است.
از سوی دیگر پیام حوزه نشریه ای است که در پی تصمیم این مجمع برای راه اندازی نشریه در حوزه از سال 70 آغاز به کار نمود. هم‌چنین طرح اعزام مبلغ به مناطق محروم کشور از سال 72 به شوراى عالى حوزه ارائه شد ضمن آنکه ایده اولیه طرح روحانى مستقر و طرح هجرت نیز از مجمع بوده است. از سوى دیگر ایجاد مراکز پرسش و پاسخ براى حوزه در سال1372به شوراى عالى ارائه شده است که مرکز مطالعات و پژوهش‌هاى فرهنگى حوزه به واسطه این ایده تشکیل شد. ‌
با توجه به این که طلاب سال جدید کمتر با اندیشه های امام خمینی آشنا هستند، طرح آشنایى با اندیشه‌هاى امام خمینى قدس‌سره نیز از سوی این مجمع تهیه شده و به شوراى عالى حوزه ارائه شد. هم‌چنین طرح رشته تخصصى فقه در حوزه در حال ارائه است. طرح آموزش نویسندگى براى طلاب از دیگر طرح های این مجمع است که به شوراى عالى حوزه ارائه شده و در  بعضى از بخش ها اجرایى شده است.
پیشنهاد اولیه تأسیس مرکز خدمات حوزه بوده که طى نامه‌اى در سال 1370 به شوراى عالى حوزه پیشنهاد شد. هم‌چنین طرح تأسیس فروشگاه‌هاى تعاونى مصرف طلاب و نیز احداث زائر‌سرا براى طلاب در مشهد مقدس در سال 73 مصوب شد که طرح اخیر با عنایت ویژه مقام معظم رهبرى اجرایى شد و امسال این زائرسرا به بهره‌بردارى خواهد رسید. ‌ ‌
طرح تأسیس مجتمع فرهنگى ورزشى نیز براى طلاب در سال 1382 ارائه شده است که از نتایج آن ساخت یک استخر در شهرک مهدیه بوده است. هم‌چنین طرح برگزارى اردو براى طلاب ارائه شده است.
طرح شرایط تلبس به لباس روحانیت نیز از سوی مجمع تهیه شده است. در کنار آن، بحث اصلاح و هماهنگى پرداخت شهریه که مجمع پنج پیشنهاد را براى اصلاح هماهنگ پرداخت ارائه کرده است، بحث تأسیس دفتر نظارت حوزه بر مسایل هنرى و فرهنگى صداوسیما، طرح بررسى عناوین حوزوى در دستور کار است تا هر کسى از عناوین حوزه سوء استفاده نکند.